提升游戏难度的核心在于合理规划资源分配与人口管理。游戏难度并非直接可调的参数，而是通过建筑布局、居民属性培养和危机处理机制等系统设计自然形成挑战。关键在于控制资源产出与消耗的平衡，例如电力短缺会引发部分房间停运，食物不足将导致居民健康值下降，这种连锁反应会显著增加管理压力。人口数量超过60后，死爪等强力敌人的袭击频率和强度会大幅提升，这是游戏内置的难度曲线设计。
建筑升级与合并策略直接影响游戏难度。将同类型房间三连合并为高级设施虽能提升效率，但也会导致资源集中化风险——一旦该区域遭遇火灾或蟑螂灾害，损失将更为严重。核电站、花园等高级建筑需要更高属性的居民驻守，若人员培养不足则容易引发生产事故。电梯的布局需要贯穿各楼层中心，这种设计虽能优化居民移动效率，但也会加速灾害蔓延速度，玩家需要在便利性与风险控制间权衡。
SPECIAL系统中，E（耐力）决定居民血量成长，L（幸运）影响资源获取效率，刻意延缓这些属性的训练会显著增加生存压力。废土探险时，未配备+E装备的居民会更快受到辐射伤害，而低幸运角色获取高级装备的概率降低，这种设定迫使玩家必须精细规划训练顺序。将高属性居民集中在外围防御房间，虽然能有效抵御入侵，但会削弱内部生产区的稳定性。
完成主线任务会解锁更危险的随机事件，如94号避难所副本在专家模式下要求15分钟内完成多线程操作，包括修理水管、收集反应堆核心等复杂步骤。极速生产模式虽然能短期获取资源，但失败概率随使用频率递增，可能同时触发火灾、虫害等多重灾害。这种设计使得玩家必须谨慎选择任务优先级，过快推进游戏进程反而会陷入资源枯竭的困境。
主动维持低人口规模会失去高级建筑解锁资格，拒绝使用传奇装备则削弱战斗优势，这些选择都能人为制造挑战。游戏机制上，200人口上限和999999瓶盖封顶的设置，实际上鼓励玩家通过精细化运营而非简单堆砌数量来应对危机。生存模式下居民永久死亡的设定，会将每个决策的代价放大数倍，这是官方提供的终极难度选项。
